Ursprünglich 1960 als Deutsch-Amerikanische Gemeinschaftsschule gegründet, wurde die Schule nach seiner Ermordung 1963 nach dem amerikanischen Präsidenten John F. Kennedy benannt. Basierend auf dem Wert einer kombinierten deutsch-amerikanischen Spracherziehung, betont die JFKS die Entwicklung von interkultureller Toleranz, Verständnis und Respekt. Obwohl die JFKS eine öffentliche Schule ist, die in Übereinstimmung mit dem deutschen Gesetz besteht, wurde sie auf der Grundlage eigener Verordnungen gegründet, die auf den den deutsch-amerikanischen Charakter ihres Schulprogramms ausgerichtet sind.
Das zweite Jahrzehnt der JFKS war im wesentlichen eines der Einführung und Konsolidierung der Entscheidungen und Lehrpläne, die in den 1960er Jahren für die Schule entwickelt wurden.
Seit 1972 bietet die JFKS den zum Studium an einer Universität berechtigenden deutschen Schulabschluß, das Abitur an, in Kombination mit dem Angebot an die Schüler, die Anforderungen für das amerikanische High School Diploma zu komplettieren.
In den 1980er Jahren, beschäftigte sich die JFKS damit, ihre Ziele und Effektivität angesichts der Bildungsreformen, die in Deutschland und in den Vereinigten Staaten im vergangenen Jahrzehnt eingeführt worden waren, zu überprüfen. Drei Bereiche fanden besondere Beachtung und Ergänzung: die mittleren Klassenstufen, der Sprachunterricht und außerschulische Aktivitäten.
In der Mitte der 80er Jahre begann die Schule eine intensive Serie von Diskussionen über Lehrmethodik und führte ein neues Programm des Aufbaus und der Erneuerung ein, um die Einführung notwendiger Neuerungen, die in diesen Beratungen identifiziert wurden, zu ermöglichen. Darüberhinaus erhielt die High School in dieser Zeit ihre erste Akkreditierung von der New England Association of Schools and Colleges.
Der Zusammenbruch der ehemaligen DDR 1989 und die deutsche Wiedervereinigung 1990 stellten die JFKS vor neue Herausforderungen. Die Wiedervereinigung und der sich daraus ergebende Rückzug der sowjetischen Streitkräfte aus Ostdeutschland hatten den damit einhergehenden Rückzug der allierten Streitkräfte aus Berlin zur Folge. Diese veränderte politische und militärische Landschaft erforderte signifikante Anpassungen für die JFKS, weil die Kinder des amerikanischen Militärpersonals bis dahin etwa 25% der gesamten Schülerschaft ausmachten.
In den Jahren 1993-94 entschied die Schulleitung der JFKS, den englischen Sprachbereich auszuweiten, indem sie auch qualifizierte Bewerber aus anderen englisch sprechenden Ländern aufnahm. Die Schule erlebte einen wichtigen Einschnitt, nachdem Berlin wieder zur deutschen Hauptstadt wurde und dem daraus folgenden Zustrom von Botschaftsfamilien zur Schulgemeinschaft. Zum Beispiel stieg die Zahl der Schüler der JFKS von ungefähr 1.200 im Jahr 1999 auf 1.650 im Jahr 2001 (bis heute).